Project information
Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace XI. (SV-FI MAV XI.)

Information

This project doesn't include Faculty of Science. It includes Faculty of Informatics. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

MUNI/A/1145/2021

Project Period

1/2022 - 12/2022

Investor / Pogramme / Project type

Masaryk University

Specific research - support for student projects

MU Faculty or unit

Faculty of Informatics

Projekt je zaměřen na podporu vědecko-výzkumné a vývojové činnosti studentů doktorského a magisterského studia na FI MU, kteří jsou vedeni zejména těmi školiteli, kteří se účastnili řešení stejnojmenných projektů specifického výzkumu v letech 2010 až 2020. Zaměření navrhovaného projektu na uvedené a úspěšně řešené projekty navazuje a dále ji rozšiřuje a prohlubuje o perspektivní a originální směry výzkumu tak, aby došlo k dalšímu rozvoji VaV činnosti zúčastněných studentů a dle zaměření i k synergii s výzkumem v centru CERIT. Jedná se o výzkum a vývoj v oblastech použití formálních metod při modelování, analýze a verifikaci systémů: klasických a zejména stochastických systémů i nekonečně stavových, komplexních a softwarově intenzivních systémů a dalších i přírodně motivovaných systémů, zejména biologických. Další související oblastí je analýza medicínského obrazu, včetně nově vyvíjených metod analýzy s pomocí HW a/nebo SW prostředků. Výzkum v těchto oblastech je na aplikační úrovni často provázán na využívání rozsáhlých výpočetních systémů (například typu cloud atp.) a moderních paralelních architektur, zejména typu CUDA, GPGPU (General Purpose Graphic Processing Unit) a many-core GPU. Další popis projektu je strukturován dle jednotlivých oblastí tak, jak byly právě uvedeny a po obsahové stránce jsou specifikovány níže v části "Odborná charakteristika projektu". V oblastech uvedených pod označeními A až H pracují tito školitelé - akademičtí zaměstnanci FI MU: A: prof. RNDr. Jiří Barnat, Ph.D.; B: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.; E: prof. RNDr. Petr Hliněný, Ph.D.; F: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.; G: prof. RNDr. Mojmír Křetínský, CSc., doc. RNDr. Jan Strejček, Ph.D.; H: prof. RNDr. Antonín Kučera, Ph.D.; I: prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., doc. RNDr. Eva Hladká, CSc.

Sustainable Development Goals

Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.

Publications

Total number of publications: 35

2023

Clique-Width of Point Configurations

CAGIRICI Onur HLINĚNÝ Petr POKRÝVKA Filip SANKARAN Abhisekh

Article in Periodical

Journal of Combinatorial Theory, Ser B, year: 2023, volume: 158, edition: 1, DOI
Efficient Isomorphism for Sd-Graphs and T-Graphs

AGAOGLU CAGIRICI Deniz HLINĚNÝ Petr

Article in Periodical

ALGORITHMICA, year: 2023, volume: 85, edition: 2, DOI
Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy

HRADECKÁ Lucia WIESNER David SUMBAL Jakub SUMBALOVÁ KOLEDOVÁ Zuzana MAŠKA Martin

Article in Periodical

IEEE Transactions on Medical Imaging, year: 2023, volume: 42, edition: 1, DOI
Symbiotic-Witch 2

AYAZIOVÁ Paulína STREJČEK Jan

Year: 2023

2022

AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks

BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

Article in Periodical

BIOINFORMATICS, year: 2022, volume: 38, edition: 21, DOI
BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs

BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

Article in Periodical

Logical Methods in Computer Science, year: 2022, volume: 18, edition: 1, DOI
DivSIM , an interactive simulator for LLVM bitcode

ROČKAI Petr BARNAT Jiří

Article in Periodical

INTERNATIONAL JOURNAL ON SOFTWARE TOOLS FOR TECHNOLOGY TRANSFER, year: 2022, volume: 24, edition: 3, DOI
eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems

TROJÁK Matej ŠAFRÁNEK David BROZMANN Branislav BRIM Luboš

Article in Proceedings

20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, year: 2022
Exploring attractor bifurcations in Boolean networks

BENEŠ Nikola BRIM Luboš KADLECAJ Jakub PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

Article in Periodical

BMC Bioinformatics, year: 2022, volume: 23, edition: 173, DOI
Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection

PATI Sarthak BAID Ujjwal EDWARDS Brandon SHELLER Micah WANG Shih-Han REINA G Anthony FOLEY Patrick GRUZDEV Alexey KARKADA Deepthi DAVATZIKOS Christos SAKO Chiharu GHODASARA Satyam BILELLO Michel MOHAN Suyash VOLLMUTH Philipp BRUGNARA Gianluca PREETHA Chandrakanth J SAHM Felix MAIER-HEIN Klaus ZENK Maximilian BENDSZUS Martin WICK Wolfgang CALABRESE Evan RUDIE Jeffrey VILLANUEVA-MEYER Javier CHA Soonmee INGALHALIKAR Madhura JADHAV Manali PANDEY Umang SAINI Jitender GARRETT John LARSON Matthew JERAJ Robert CURRIE Stuart FROOD Russell FATANIA Kavi HUANG Raymond Y CHANG Ken QUINTERO Carmen Balana CAPELLADES Jaume PUIG Josep TRENKLER Johannes PICHLER Josef NECKER Georg HAUNSCHMIDT Andreas MECKEL Stephan SHUKLA Gaurav LIEM Spencer ALEXANDER Gregory S LOMBARDO Joseph PALMER Joshua D FLANDERS Adam E DICKER Adam P SAIR Haris I JONES Craig K VENKATARAMAN Archana JIANG Meirui SO Tiffany Y CHEN Cheng HENG Pheng Ann DOU Qi KOZUBEK Michal LUX Filip MICHÁLEK Jan MATULA Petr KEŘKOVSKÝ Miloš KOPŘIVOVÁ Tereza DOSTÁL Marek VYBÍHAL Václav VOGELBAUM Michael A MITCHELL J Ross FARINHAS Joaquim MALDJIAN Joseph A YOGANANDA Chandan Ganesh Bangalore PINHO Marco C REDDY Divya HOLCOMB James WAGNER Benjamin C ELLINGSON Benjamin M CLOUGHESY Timothy F RAYMOND Catalina OUGHOURLIAN Talia HAGIWARA Akifumi WANG Chencai TO Minh-Son BHARDWAJ Sargam CHONG Chee AGZARIAN Marc FALCAO Alexandre Xavier MARTINS Samuel B TEIXEIRA Bernardo C A SPRENGER Flávia MENOTTI David LUCIO Diego R LAMONTAGNE Pamela MARCUS Daniel WIESTLER Benedikt KOFLER Florian EZHOV Ivan METZ Marie JAIN Rajan LEE Matthew LUI Yvonne W MCKINLEY Richard SLOTBOOM Johannes RADOJEWSKI Piotr MEIER Raphael WIEST Roland MURCIA Derrick FU Eric HAAS Rourke THOMPSON John ORMOND David Ryan BADVE Chaitra SLOAN Andrew E VADMAL Vachan WAITE Kristin COLEN Rivka R PEI Linmin AK Murat SRINIVASAN Ashok BAPURAJ J Rajiv RAO Arvind WANG Nicholas YOSHIAKI Ota MORITANI Toshio TURK Sevcan LEE Joonsang PRABHUDESAI Snehal MORÓN Fanny MANDEL Jacob KAMNITSAS Konstantinos GLOCKER Ben DIXON Luke V M WILLIAMS Matthew ZAMPAKIS Peter PANAGIOTOPOULOS Vasileios TSIGANOS Panagiotis ALEXIOU Sotiris HALIASSOS Ilias ZACHARAKI Evangelia I MOUSTAKAS Konstantinos KALOGEROPOULOU Christina KARDAMAKIS Dimitrios M CHOI Yoon Seong LEE Seung-Koo CHANG Jong Hee AHN Sung Soo LUO Bing POISSON Laila WEN Ning TIWARI Pallavi VERMA Ruchika BAREJA Rohan YADAV Ipsa CHEN Jonathan KUMAR Neeraj SMITS Marion VAN DER VOORT Sebastian R ALAFANDI Ahmed INCEKARA Fatih WIJNENGA Maarten M J KAPSAS Georgios GAHRMANN Renske SCHOUTEN Joost W DUBBINK Hendrikus J VINCENT Arnaud J P E VAN DEN BENT Martin J FRENCH Pim J KLEIN Stefan YUAN Yading SHARMA Sonam TSENG Tzu-Chi ADABI Saba NICLOU Simone P KEUNEN Olivier HAU Ann-Christin VALLIERES Martin FORTIN David LEPAGE Martin LANDMAN Bennett RAMADASS Karthik XU Kaiwen CHOTAI Silky CHAMBLESS Lola B MISTRY Akshitkumar THOMPSON Reid C GUSEV Yuriy BHUVANESHWAR Krithika SAYAH Anousheh BENCHEQROUN Camelia BELOUALI Anas MADHAVAN Subha BOOTH Thomas C CHELLIAH Alysha MODAT Marc SHUAIB Haris DRAGOS Carmen ABAYAZEED Aly KOLODZIEJ Kenneth HILL Michael ABBASSY Ahmed GAMAL Shady MEKHAIMAR Mahmoud QAYATI Mohamed REYES Mauricio PARK Ji Eun YUN Jihye KIM Ho Sung MAHAJAN Abhishek MUZI Mark BENSON Sean BEETS-TAN Regina G H TEUWEN Jonas HERRERA-TRUJILLO Alejandro TRUJILLO Maria ESCOBAR William ABELLO Ana BERNAL Jose GÓMEZ Jhon CHOI Joseph BAEK Stephen KIM Yusung ISMAEL Heba ALLEN Bryan BUATTI John M KOTROTSOU Aikaterini LI Hongwei WEISS Tobias WELLER Michael BINK Andrea POUYMAYOU Bertrand SHAYKH Hassan F SALTZ Joel PRASANNA Prateek SHRESTHA Sampurna MANI Kartik M PAYNE David KURC Tahsin PELAEZ Enrique FRANCO-MALDONADO Heydy LOAYZA Francis QUEVEDO Sebastian GUEVARA Pamela TORCHE Esteban MENDOZA Cristobal FRANCO Vera RÍOS Elvis LÓPEZ Eduardo VELASTIN Sergio A OGBOLE Godwin SONEYE Mayowa OYEKUNLE Dotun ODAFE-OYIBOTHA Olubunmi OSOBU Babatunde SHU'AIBU Mustapha DORCAS Adeleye DAKO Farouk SIMPSON Amber L HAMGHALAM Mohammad PEOPLES Jacob J HU Ricky TRAN Anh CUTLER Danielle MORAES Fabio Y BOSS Michael A GIMPEL James VEETTIL Deepak Kattil SCHMIDT Kendall BIALECKI Brian MARELLA Sailaja PRICE Cynthia CIMINO Lisa APGAR Charles SHAH Prashant MENZE Bjoern BARNHOLTZ-SLOAN Jill S MARTIN Jason BAKAS Spyridon

Article in Periodical

Nature Communications, year: 2022, volume: 13, edition: 7346, DOI