Informace o projektu
Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
- Kód projektu
- NR8967
- Období řešení
- 1/2006 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- Treponema pallidum, srovnávací genomika, PCR diagnostika, nukleotidové polymorfismy
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice U sv. Anny Brno
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Vladana Woznicová, Ph.D.
- Odpovědná osoba Mgr. Monika Dvořáková Heroldová, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Miroslav Votava, CSc.
- Odpovědná osoba MUDr. Jana Račovská
Projekt předpokládá vyšetření desítek až set kmenů a izolátů pddruhu T. pallidum ssp. apllidum v hypervariabilních oblastech genomu. Rozdíly v těchto sekvencích budou použity pro identifikaci individuálních kmenů tohoto poddruhu.
Rozdíly v genomech kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum budou zjišťovány po PCR amplifikaci sekvenací PCR produktů. Bude navržen zjednodušený protokol na identifikaci nejčastějších kmenů na základě PCR aplifikace a RFLP.
Publikace
Počet publikací: 90
2008
-
Rozdíly ve struktuře genomu u vybraných zástupců rodu Treponema.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.
XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2008
-
Sequencing and molecular typing of hypervariable loci in the Treponema pallidum genomes: characterizations of type strains and clinical isolates.
Clinical Microbiology and Infection, Volume 14, Issue s7, Abstracts of the 18th ECCMID, P1704, rok: 2008
-
Spirocheta Treponema pallidum a její detekce v klinickém materiálu.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Srovnání typovacích systémů u Treponema pallidum.
XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2008
-
Syfilis u pacientů označovaných jako "men having sex with men" - význam přímého průkazu metodou PCR
Dermatologie pro praxi, rok: 2008, ročník: 2, vydání: 4
-
Treponema pallidum ssp. pallidum a její detekce v klinickém materiálu.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
2007
-
Analýza sigma 54 závislých promotorových oblastí Treponema pallidum.
XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků., rok: 2007
-
Comparative genomics of closely related treponemal strains
In Abstract Book: 17th European Congress of Clinical Microbiology and Infectous Diseases, INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS, rok: 2007