Informace o projektu
Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
- Kód projektu
- NR8967
- Období řešení
- 1/2006 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Lékařská fakulta
- prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
- Mgr. Petra Pospíšilová, Ph.D.
- prof. MUDr. Jan Šmarda, DrSc.
- Klíčová slova
- Treponema pallidum, srovnávací genomika, PCR diagnostika, nukleotidové polymorfismy
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice U sv. Anny Brno
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Vladana Woznicová, Ph.D.
- Odpovědná osoba Mgr. Monika Dvořáková Heroldová, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Miroslav Votava, CSc.
- Odpovědná osoba MUDr. Jana Račovská
Projekt předpokládá vyšetření desítek až set kmenů a izolátů pddruhu T. pallidum ssp. apllidum v hypervariabilních oblastech genomu. Rozdíly v těchto sekvencích budou použity pro identifikaci individuálních kmenů tohoto poddruhu.
Rozdíly v genomech kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum budou zjišťovány po PCR amplifikaci sekvenací PCR produktů. Bude navržen zjednodušený protokol na identifikaci nejčastějších kmenů na základě PCR aplifikace a RFLP.
Publikace
Počet publikací: 90
2007
-
Klinický materiál pro průkaz syfilis metodou polymerázové řetězové reakce.
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie., rok: 2007, ročník: 56, vydání: 2
-
Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty
-
Laboratorní diagnostika syfilis.
Rok: 2007, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
PCR diagnostika a molekulární typizace původce syfilis: aktuální problémy PCR detekce.
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty
-
Performance of CAPTIA SelectSyph-G enzyme-linked immunosorbent assay in syphilis testing of a high-risk population: analysis of discordant results.
Journal of Clinical Microbiology, rok: 2007, ročník: 45, vydání: 6
-
Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty., rok: 2007
-
Pyrosequencing as a tool for whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies.
Chemické Listy, rok: 2007, ročník: 101, vydání: 5
-
Sekvenace genomů patogenních treponem: Sangerova sekvenace, komparativní genomová sekvenace a pyrosekvenace.
Rok: 2007, druh: Další prezentace na konferencích
-
Sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D genome.
In Abstract Book: 17th European Congress of Clinical Microbiology and Infectous Diseases. INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS., rok: 2007
-
Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
Rok: 2007, druh: Konferenční abstrakty